مشکلات متعددی در سیستم‌های اسمز معکوس وجود دارد که برخی از آن‌ها ناشی از نقص‌های ذاتی طراحی هستند، در حالی که برخی دیگر از انحرافات عملیاتی و نگهداری در طول استفاده روزانه ناشی می‌شوند و منجر به خطرات عملیاتی قابل توجهی می‌شوند.
این مشکلات به طور خاص در موارد زیر آشکار می‌شوند:
1. در مرحله طراحی اولیه، ظرفیت هد پمپ فشار قوی خیلی کم انتخاب شده است که منجر به تولید آب ناکافی می‌شود و در صورت تغییر دما یا کیفیت آب ورودی، نیازهای طراحی را برآورده نمی‌کند؛
2. اکسیداسیون المان‌های غشایی منجر به افزایش شار آب و کاهش کیفیت آب محصول می‌شود؛
3. وارونگی یا آسیب دیدن حلقه آب‌بندی آب شور باعث می‌شود نرخ بازیابی واقعی بیش از حد بالا رود و منجر به رسوب‌گذاری و تخریب کیفیت آب شود؛
4. آسیب دیدن اورینگ منجر به کاهش کیفیت آب می‌شود؛
5. استفاده ترکیبی از المان‌های غشایی قدیمی و جدید یا انواع مختلف المان‌های غشایی منجر به کاهش عملکرد سیستم می‌شود؛
6. همپوشانی یا همپوشانی جزئی بین حلقه رانش مخزن تحت فشار و خروجی آب غلیظ باعث رسوب‌گذاری به دلیل نرخ بازیابی بیش از حد بالا می‌شود؛
7. طول بیش از حد مخزن تحت فشار باعث نشت آب شور به سمت آب محصول می‌شود و در نتیجه کیفیت آب محصول کاهش می‌یابد؛
8. عدم وجود گیج فشار، تجزیه و تحلیل و ارزیابی وضعیت عملکرد اسمز معکوس را غیرقابل اعتماد می‌کند؛
اختلاف فشار بیشتر باعث می‌شود المان غشایی تحت تأثیر اثرات تلسکوپی قرار گیرد و آسیب ببیند؛
10. افزایش فشار برگشتی تولید منجر به کاهش دبی تولید می‌شود؛
11. چیدمان غیرمنطقی اسمز معکوس باعث افزایش موضعی شار آب المان‌های غشایی و تسریع نرخ گرفتگی می‌شود؛
12. طراحی نرخ بازیابی اسمز معکوس نامناسب است و تعداد المان‌های غشایی کافی نیست؛
13. آلودگی ذرات باعث گرفتگی مکانیکی قابل توجه المان‌های غشایی می‌شود و منجر به افزایش اختلاف فشار در مرحله اول، کاهش تولید آب و تخریب کیفیت آب می‌شود؛
14. رسوب آلاینده‌ها و آلودگی باکتریایی/میکروبی ناشی از خاموش شدن سیستم.
